医学院成立于2016年10月，先后经历医学与生命科学学院、医学院·整合医学学院（与整合医学学院合署）发展阶段，为南京中医药大学医学部所属教学科研单位。学院基于学校“中医药为主体，中西医并重，多学科支撑协调发展”的学科专业布局规划，注重生物医学与中医药相关学科的交叉融合，旨在通过发挥多学科交叉和人才聚集优势，服务地方经济和行业发展需求。

        学院人才培养涵盖本科、硕士和博士各层次，分别在中医学（本博连读九年制）、临床医学、生物技术、应用心理学4个本科专业招生；拥有基础医学、生物学、公共卫生与预防医学、应用心理4个硕士学位点；在中药学、中西医结合基础专业招收博士生。学院现有在校全日制本科生939人，硕士研究生296人，博士研究生76人。

        学院设有人体解剖与组织胚胎学系、免疫学系、病原生物学系、病理学与病理生理学系、生理学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物学系、公共卫生学系、药理学系、心理学系10个学系，建有江苏省基础课实验教学示范中心、生物医学实验中心、受体功能及药物研究中心和江苏省退行性疾病药靶与药物重点实验室。实习基地现有2所附属医院、2所临床医学院、2所实习医院和 4 所社区医院，临床教学基地床位总数13843张。

        学院延揽师资，汇聚英才，现有教职工240人，其中专任教师198人，教授31人，副教授65人，博士生导师22人，硕士生导师51人。拥有国家杰出青年科学基金获得者3人、国家重大人才工程项目获得者2人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人、享受国务院政府特殊津贴3人、国家级青年人才项目获得者3人、江苏省特聘教授9人，其他省级各类人才60余人次。一流的师资队伍为教学科研工作奠定了坚实的人才基础。

        近五年，学院承担一系列国家自然科学基金，科技部重大专项，在国际主流学术刊物（如：Nature Neuroscience、PNAS、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Signal Transduction and Targeted Therapy等）发表高水平学术论文280余篇，构建省级一流专业2个、国家级一流课程3门、省级一流课程3门，省级优秀培育教材1部，省级以上教育教改课题19项。

        学院先后与美国加州大学药学院、奥古斯塔大学乔治亚医学院、澳大利亚墨尔本皇家理工大学健康与生物医学学院以及台湾慈济大学医学院建立了良好的科教研合作关系。

        学院将秉承“学贯中西，至精至诚”的办学理念，恪守“方正博学、格物济世”的院训，以立德树人为根本，以学科建设为引领，以专业建设为核心，不断深化教育教学改革，增强科研创新能力，提升人才培养质量，为日益增长的全民健康服务需求培育优秀人才，为学校中医药类专业的建设与发展起到支撑和推动作用，为学校创建高水平、有特色、国际化的一流中医药大学做出贡献。（截止时间2023年12月）